Як кажуть представники ЗЕБу, фінансове сприяння буде надаватися інноваційним компаніям-резидентам фонду "Сколково" для виконання необхідних науково-технічних експертиз, розробки кваліфікованих бізнес-планів по комерціалізації розробок, залучення стратегічного інвестора, розробки певної проектної документації.
Відбір проектів для фінансування буде проводитися за заявками інноваційних компаній. При цьому фінансове сприяння буде надаватися на поворотній основі - у формі участі в капіталі, позики або фінансування робіт, послуг під відступлення права вимоги до інноваційної компанії. В рамках діяльності органів управління (куди входять і представники фонду "Сколково") фонду "ВЕБ-Інновації" можуть прийматися рішення про додаткові напрямки інвестиційної діяльності відповідно до потреб, що виникають в ході розвитку проекту "Сколково"
Представники фонду "Сколково" беруть участь у роботі органів управління фонду "ВЕБ-Інновації".
Про прийняття рішення наглядової ради Зовнішекономбанку по необхідності створення фонду "ВЕБ-Інновації" стало відомо в квітні 2011 року. Початок роботи фонду заплановано на січень поточного року.
Основною метою діяльності фонду є сприяння розвитку інноваційних програм уряду РФ, створення інфраструктури інновацій в РФ, залучення високоризикових (венчурних) інвестицій в російські інноваційні компанії, сприяння залученню в РФ зарубіжних передових технологій, просування російських інновацій на світовий ринок, залучення в індустріально-технологічний сектор економіки прямих інвестицій від міжнародних інвесторів.